Порт расположен в Керченской бухте на западном побережье Керченского пролива, соединяющего Черное и Азовское моря. Незамерзающая акватория порта открыта для захода судов круглый год. Основной судоходной артерией Керченского пролива является искусственно созданный в начале XX ст. Керчь-Еникальский канал (КЕК) который находится на балансе порта.
На территории Керченского порта действует пункт пропуска через государственную границу для международного морского грузового, пассажирского и паромного сообщения с постоянным круглосуточным режимом функционирования. Порт открыт для захода судов в светлое время суток, круглый год. В порту действуют отделения всех контролирующих служб: таможни, пограничной службы, карантина растений, ветеринарной, экологической инспекции. Железная дорога связывает Керчь с промышленными регионами Украины и России. Автодорога Керчь-Джанкой является частью магистрали М17(E97) Херсон-Джанкой-Феодосия-Керчь и связывает порт с международными автомагистралями М05(Е-95) и М18(Е107).
Паромная переправа Крым-Кавказ обеспечивает непосредственный выход на транспортную инфраструктуру Северокавказского региона Российской Федерации.