Центр гигиены и эпидемиологии в Республике Крым и городе федерального значения Севастополе создано распоряжением Правительства Российской Федерации от 25 сентября 2014 г. №1884-р и относится к ведению Роспотребнадзора.
Основной целью учреждения является обеспечение деятельности Межрегионального управления Федеральной службы по надзору в сфере защиты прав потребителей и благополучия человека по городу Джанкой и Джанкойскому району.